Исследовательское наблюдение организуется с трех позиций: нейтральной, с позиции руководителя педагогического процесса и при включении исследователя в реальную естественную деятельность. Например, ученый ведет наблюдение за спадом и подъемом интеллектуальной инициативы учащихся во время уроков по гуманитарным и негуманитарным школьным дисциплинам. В этом случае он располагается в классе так, чтобы держать в поле зрения всех, но самому быть незаметным. Идеально, когда его присутствие ни учителем, ни учащимися не ощущается. Наблюдение же со второй позиции предполагает, что исследователь сам ведет урок, сочетая практические с исследовательскими задачами. Наконец, третья позиция предполагает включение исследователя в структуру действия испытуемых рядовым исполнителем всех познавательных операций вместе с учащимися для самоиспытания в роли последних.
К разновидностям научных наблюдений в педагогике относят и такие, как открытое и конспиративное наблюдения. Первое означает, что испытуемым известен факт их научной подконтрольности, а деятельность исследователя воспринимается визуально. Конспиративное наблюдение предполагает факт скрытого прослеживания действий испытуемых. Разница между первым и вторым состоит в со-поставлении данных о ходе педагогических процессов и поведении участников образовательно-воспитательного взаимодействия в условиях ощущения поднадзорности и свободы от глаз посторонних.